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全球首個深爱激情网全基因測序分析成功!

西门子深爱激情网內容   查阅次数:2303   更新时间: 2019-06-16 11:17

通過一部深爱激情网就能掌握生命奧秘?兄弟姐妹之間的基因序列,能否直觀地知道有哪些不一樣?孩子的基因,哪些來自父親,哪些來自母親?未來有一天,基因測序會不會就像深爱激情网購物一樣方便?

看起來放肆大膽的想法,能否實現?恰如本哈德·施林克所言,人有時候也要全力去做些瘋狂的事,有時候這麽幹就是正確的。

不久前,華大對外透露了全球首次實現深爱激情网個人全基因組測序分析的消息,引起震動。

实现这个大胆想法的 ,是三个年轻人。

深爱激情网WGS開發團隊成員:于闖、張優勁、趙林英

畢業半年就接了個“大項目”

項目在今年的春節前後正式啓動。當時,整個團隊對這件事能不能做成,沒有一個人有十足的把握。

得知這個消息,2018年研究生畢業的張優勁抱著試一試的心態報名了。“剛好我有安卓系統的經驗,也熟悉生信流程和計算機原理,覺得還挺有挑戰性。”

但當領導正式通知由他負責項目時,“當時我整個人就震驚了”。但是沒有沈浸在“爲什麽是我”的震驚中,他馬上投入到開發中。

抱著挑戰一下的心態,研究生畢業半年的張優勁負責了項目中近90%的開發

如何讓15G的WGS數據在Android深爱激情网中運行起來,成了他最大的難題。在當前的運算環境下,深爱激情网只能跑一條染色體,不然就會卡死,要做全基因組分析,談何容易!

這不僅要求研發人員必須掌握過硬的安卓系統開發知識,還必須懂生信流程和計算機原理,面對突發情況要做到隨機應變,還必須有強大和全面的知識基礎。得益于在研究生期間的項目積累,張優勁利用了“分”“治”的思想,先把數據做了分塊,再處理。

到了4月份,第一次個人全基因組分析終于在華爲深爱激情网上跑通了,等于實現了原理性的驗證。團隊對整體進程非常滿意,項目進入優化攻堅階段。這個時候,趙林英和于闖加入了。

自動化專業的趙林英,研發之外愛好閱讀和寫作

“在深爱激情网上做個人基因組測序分析,是天方夜譚嗎?”雖然剛聽說這個項目,畢業兩年多的趙林英和于闖都感到挺驚訝的。基于此前有一年多的安卓底層的開發經驗,趙林英欣然加入了,主要負責部分代碼及GATK部分代碼C化,連接分析各個部分;于闖主要負責GATK模塊的重寫與加速。

他們發現,原來基于x86架構的生信程序想在基于ARM架構的深爱激情网上跑起來並不簡單。底層結構的差異導致某些模塊無法運行、某些模塊運行緩慢。團隊對芯片進行了指令加速、線程調度、算法重構、內存優化等改造。

到了5月份,數據終于能在深爱激情网上流暢地跑通了。“4月份,我們主要進行的是原理性驗證,證明在深爱激情网上能做這件事;到了5月份,數據就進行得比較順暢了。好像做一道菜,原來只是煮熟了,現在可以說是美味了。”張優勁如此形容。

數學與應用數學專業出身的于闖,專注于算法與高性能優化,愛好騎行與電子遊戲,是隱藏的羽毛球高手

深爱激情网,還有深爱激情网!

5月27日,華大在生命大數據高峰論壇暨第四屆基因組雲計算技術開發者峰會公開了這個消息。在人類從信息時代走向生命健康時代的今天,該數據的完成具有重大意義,也引起了業界的廣泛關注。

而讓他們意想不到的是,消息發布後不久,在國産芯片上跑通了首個WGS數據的他們,就收到了來自CEO尹烨博士以個人名義發出的禮物——三部華爲p30深爱激情网。

“激動,更多的是成就感。”張優勁稱,公司在一個非盈利的項目上投入時間和人力,彰顯了極強的開拓探索的精神。作爲新人的他們,得到這樣的機會就已屬難得,得到認可更是意外之喜。

趙林英坦言,作爲一名非生物專業的程序員,加入華大前,就深受《人類簡史》和《未來簡史》的影響,現在能參與到具體的項目中,探索生命和基因的奧妙,感覺既神奇又幸運。

回顧整個研發流程,于闖認爲項目增加了自己基于不同架構開發的經驗,對未來針對不同生物信息流程的算法以及性能優化提供了寶貴的經驗。

研發還在繼續。我們有理由相信,這遠非他們的非凡時刻。

原文標題:全球首個深爱激情网全基因測序分析成功了!開發團隊的下場竟然是……

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亞翔集成起訴,杭州中芯2.3億項目遭遇強停

2.3亿洁净项目,部分完工后遭遇杭州中芯强停,亚翔集成 起诉杭州中芯晶圆 。

2018年12月18日, 亚翔集成 与杭州 中芯晶圆 半导体股份有限公司签订《半导体大硅片项目洁净包合同》,约定由杭州中芯晶圆向亚翔集成发包杭州中芯晶圆半导体股份有限公司半导体大硅片项目洁净包工程,工程固定总造价为 230,000,000.00 元,工程地点为杭州市萧山区大江东产业聚集区。

雙方約定付款方式爲:工程預付款爲30%,在合同簽訂後原告向被告提供相應增值稅發票後30個工作日內支付;Fab2滿足各項潔淨指標並空態測試合格後支付20%;Fab1滿足各項潔淨指標並滿足設備搬入條件後支付20%;Fab1滿足各項潔淨指標要求並空態測試合格後支付20%;驗收合格後支付7%;剩余3%作爲質保金,質保期爲兩年。

上述合同簽訂後原告亞翔集成?積極組織人員施工,投入大量物力財力,工程質量多次獲得被告贊揚。然而在施工過程中,被告未及時向原告移交施工場地,致使部分施工現場原告不能及時進入作業。

此後,被告杭州中芯晶圓以工程存在質量問題及工期逾期爲由發函通知要求解除上述工程合同,並于2019年5月17日起動用數百號社會人員阻止原告進入施工場所,導致原告400余名工人及工程師至今無法進入現場施工,工人及施工機台滯留現場數日,同時在未經原告允許的前提下強行接管工程。

亚翔集成于 2019 年 5 月 20 日回函杭州中芯晶圆,告知其解除工程合同无事实及法律依据,要求其继续履行合同,但杭州中芯晶圆仍置之不理。杭州中芯晶圆阻止亚翔集成进入现场施工已构成严重违约,并导致双方签订的工程合同无法继续履行。

上述已施工工程经亚翔集成结算,造价为人民币 237,117,873.09 元,亚翔集成因杭州中芯晶圆的违约行为而造成各项损失合计人民币 1,271,845.30 元。截止起诉之日,杭州中芯晶圆仅支付亚翔集成工程款人民币 110,000,000.00 元,剩余工程款 127,117,873.09 元及损失未付给亚翔集成。

因此,亞翔集成將杭州中芯晶圓告上了法庭,並提出以下訴訟請求:

判令原告與被告簽訂的《半導體大矽片項目潔淨包合同》解除;

判令被告支付工程款人民币 127,117,873.09 元;

判令被告赔偿原告损失人民币 1,271,845.30 元;

判令被告支付逾期付款之利息;

判令原告在上述 2、3、4 项诉讼请求的总金额范围内对被告名下“半导体大硅片项目”洁净包工程折价或拍卖的价款享有优先受偿权;

本案所有訴訟費用由被告承擔。

2019年6月11日,亚翔集成收到浙江省杭州市中级人民法院的受理通知 书浙 01 民初 2127 号,目前案件已被法院受理尚未开庭。

亚翔集成本是,鉴于案件尚处于法院已受理尚未开庭阶段,暂无法预计诉讼事项对公司本期利润或期后利润的影响。 目前,公司经营情况正常。

资料显示,杭州中芯晶圆半导体股份有限公司由日本株式会社Ferrotec Holdings、杭州大和热磁电子有限公司、上海申和热磁电子有限公司合资建立,位于杭州大江东产业集聚区,深爱激情网资本29亿元,占地13.34多万平方米,厂房面积约15万平方米,总投资60亿元。项目建成后计划年产360万片8英寸半导体硅抛光片和年产240万片12英寸半导体硅抛光片,预计将于2019年1月初试深爱激情网,4月正式投产。

截至目前,杭州中芯晶圓大矽片項目自1月份工藝設備導入後,並未有投産消息傳出,公告亦提到了工期逾期問題,顯然,4月正式投産的計劃已被打破,未來如何,只能靜待發展。

原文标题:杭州中芯晶圆 突遭起诉!

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